Cейчас сложилась такая ситуация, что только на 990-километровой границе с Таджикистаном, в Баткенском и Лайлякском районах, насчитывается около 70 спорных участков. Осложняется положение и тем, что Таджикистан имеет анклавы в Кыргызстане. В приграничных рйонах обеих республик давно освоены практически все пахотные земли и пастбища. А нехватка земельных угодий и неопределенность границ уже привела один раз к конфликту между кыргызами и таджиками в Баткенском районе, в результате которого погибло несколько человек. Усиливает напряженность в приграничных селах и быстро нарастающая безработица среди молодежи. Подписан Протокол о комплексном рассмотрении двусторонних вопросов между Кыргызстаном и Таджикистаном (1996 г.), где оговорено приступить к рассмотрению пограничных проблем.
Таджикские анклавы на территроии Кыргызстана охранияются силами местного ополчения.
